En noviembre 1576, la Compañía de Jesús se hizo cargo de la Doctrina aymara de Juli, de lengua aymara, junto al lago Titicaca, hasta entonces atendida por los frayles dominicos, y el P. Barzana fue uno de los cuatro designados para ella. La doctrina de Juli comprendía el mismo pueblo de Juli y un centenar de pequeños poblados, con un total aproximado de 30.000 habitantes.

“Juli está en la provincia de Chucuito, junto a la laguna grande, que llaman los indios Titicaca, y es la provincia más poblada de yndios que ay en el Pirú…están allí quatro Padres y tres Hermanos, y tienen a cargo todo aquel pueblo” (Cfr, Carta del P. Provincial José de Acosta al P. General Everardo Mercuriano, Monumenta Peruana, II, p. 227).

El P. Alonso de Barzana destacó de inmediato en su aprendizaje y manejo de la lengua aymara. Se le encomendó la predicación y confesión de los indios adultos en los pueblos de Chucuito, Yunguyo, Copacabana y en otros pueblos de la región. Sus virtudes resaltaron de inmediato entre los jesuitas misioneros en esa región del Perú. Cuando tuvo que partir de Juli en 1578, para la fundación de Arequipa, sus indios no cesaron de llorar en toda la tarde. Paso a trabajar con la etnia de los Uros en el departamento de Arequipa.