Poco tiempo después antes de finalizar ese año de 1571 es enviado a la ciudad del Cusco para continuar su misión evangelizadora y misionera, dedicándose por entero al ejercicio de su ministerio sacerdotal con los indios naturales del Perú y con los españoles.

Se ganó el respeto de todos, españoles e indígenas, y fundó junto con otros dos Padres la Cofradía del Nombre de Jesús, con sede en la llamada “Capilla de los Indios”, al lado izquierdo del Templo de la Compañía, hoy llamada Capilla de Nuestra Señora de Loreto. Allí promovió la devoción al Niño Jesús Inca y con ocasión de las celebraciones por la beatificación de Ignacio de Loyola, del 2 al 26 de mayo de 1610, la Cofradía del Nombre de Jesús sacó en procesión al Niño Jesús «en hábito de Inga, vivamente aderezado y con muchas luces».

“El Colegio del Cusco es centro de apostolado indígena por la predicación, la frecuencia de confesiones, la propagación de la cofradía del Nombre de Jesús o del Niño Jesús, y por las misiones comarcanas” (Cfr. Monumenta Peruana, VIII, p.2).

Luego de misionar por varios años en Bolivia (1582 – 1585), Argentina (1586 – 1591) y Paraguay (1591 – 1597), estando muy enfermo, el P. Provincial Juan Sebastián le mandó regresar a Lima para ser mejor atendido, restablecer su salud y recuperar fuerzas. Durante su viaje de regreso al Perú, al pasar por la ciudad del Cusco, camino a Lima, y después de un mes en el Cusco, falleció entre la noche del 31 de diciembre de 1597 y la madrugada del 1 de enero de 1598, en olor de santidad, en el Colegio de la Compañía de Jesús, con gran paz y serenidad de conciencia, a los 70 años de edad, 43 de sacerdocio, 33 de Compañía y 22 de Últimos Votos. Fue enterrado en el Colegio de la Compañía de Jesús.