El Arzobispo Jerónimo de Loayza y el virrey Francisco de Toledo pidieron a la Compañía se encargase de adoctrinar a los indígenas en dos lugares, Lunahuaná y Huarochirí. Los padres jesuitas desestiman el primero por ser fácil de llegar y haber menos trabajo que realizar, aceptando el segundo empezando a trabajar allí en 1570. Huarochirí se encontraba ubicada en una región de la sierra central limeña, cercana a la ciudad, formada por 77 pueblitos o ayllus, cada uno ubicado lejos del otro, con caminos muy difíciles y peligrosos que los hacían intransitables.

A Huarochirí llegaron cinco sacerdotes algunos de los cuales, como Alonso de Barzana, conocían y hablaban el quechua. Se repartían por los distintos pueblos para adoctrinar y después de aproximadamente un mes regresaban a la comunidad. Ahí residían por unos días, donde compartían vida de comunidad. Su trabajo fue constante, pero lo que se logró fue muy poco debido a que era demasiado el tiempo que se utilizaba en llegar a los pueblos. Cuando el virrey Toledo ordena las reducciones, los 77 pueblitos de Huarochirí se reducen a 8 y los padres jesuitas al ver que su trabajo no avanzaba debido a todos los inconvenientes mencionados deciden abandonar dicha doctrina.