Al año siguiente fue enviado a evangelizar a los indios en la Doctrina de Santiago del Cercado, a las afueras de Lima, que era una extensión del Colegio de San Pablo. El virrey Francisco de Toledo en 1571 ordenó que se reduzca a los indios de la ciudad de Lima en dicho lugar. El nuevo pueblo fue llamado Santiago en memoria del apóstol y patrono de España porque fue un 25 de Julio de 1571 que se inauguró la parroquia con una misa ofrecida por el padre Alonso de Barzana con un sermón en español y en quechua, asistiendo el virrey y los miembros de la Audiencia. El pueblo, conocido como el Cercado, tenía un muro de tres metros de alto que rodeaba y cercaba la reducción. Los jesuitas edificaron una Iglesia y una casa con 4 cuartos y una huerta; las limosnas del colegio de San Pablo ayudaban a la manutención del lugar.