Pasó en 1591 a la Gobernación del Paraguay. El 8 de septiembre de 1594 escribió una carta desde Asunción al Provincial del Perú Juan Sebastián, dando cuenta de todas las regiones y los diversos pueblos que había recorrido en su trabajo misionero y que para entonces ya se encontraban constituidos, mostrando un profundo interés por la cultura y lenguas indígenas por medio de las cuales realizó su gran labor evangelizadora en estos territorios. Su trabajo se extendió hacia la región de los Calchaquíes y el Gran Chaco.